1.本科之特色
本院眼科部創設於民國五十九年由高振中及王安靖醫師領銜服務眼科病人十餘年。
民國七十八年開始招收訓練住院醫師。隔年特聘蔡武甫醫師擔任本院眼科部主任，帶領眼科部服務雲嘉南地區民眾，其服務病人數眾多，堪稱盛況空前。
民國九十四年經中華民國眼科醫學會評鑑通過為眼科專科醫師訓練機構，可以訓練眼科專科醫師，每年可招收眼科住院醫師，訓練期限四年，訓練完可參加眼科專科考試。目前眼科部由郭淑純部長帶領之下，積極發展次專科，科內再細分為:一、視網膜 二、角膜 三青光眼 四、斜弱視&小兒眼科
五、葡萄膜炎 六、屈光 七、眼整形等七個次專科，為雲嘉南地區民眾提供眼科疾病診察和治療。
2.本科之訓練內容
依「衛署公告眼科專科醫師學習課程」訓練執行，每年檢討並修訂一次。眼科專科醫師訓練課程完成所需時間為四年，規定每一年度基本需要完成之各次專科檢查項目，並且由訓練之主治醫師簽名，以做為職級升等之參考。
3.本科之教學師資
奇美醫院專任眼科專科主治醫師共九位，兼任專科主治醫師一位，合計共10位。（三位部定：教授、副教授及助理教授，其他多位申請中）
4.薪資及福利
依本院眼科住院醫師薪資制度辦理。
薪資隨每月值班數不同而有浮動，並隨年資而有所增加，與一般員工一樣福利。領有優渥年終獎金。
5.每日照護(primary care)床數
每人7-8床，合計上限15床。
6.每月值班天數，每年放假天數
值班原則平均上7-8班(5或6班平日班 +
1個週六班
+ 1個週日班)。
值班數上限為10班，視住院醫師訓練人數而調整。
放假天數依醫院公告，原則上R1-R2 每年7天，R3-R4 每年10天。
7.值班時之協同人力及規劃
實見習醫師依教學中心統一安排。
住院醫師值班時有【當月總值班主治醫師】作為主治醫師總值之支援。
8.長期之發展機會(教學、研究、服務)
（1）教學: 配合院方計畫本科與嘉南藥理科技大學，中山醫學大學，高雄醫學大學及台北醫學大學皆有教學及教職升等合作計畫。
（2）研究: 本科每週定期舉辦研究討論會議，並有跨領域合作單位，本科教學活動每週固定有晨會、
讀書會、 次專科教學及特殊臨床病例討論，且每年均有研究計劃及論文發表。
（3）服務: 除本院區外，有佳里奇美醫院業務。