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1.89年11月成立「社區健康營造中心」的工作繼續推廣及舉辦各類社區活動。
2.90年3月成立「南區職業衛生保健中心」，負責雲嘉南五縣市職廠員工的衛生教育、健康促進、以及傷病防治工作。
3.90年10月成立「癌症防制中心」，負責乳癌，子宮頸癌，肺癌及口腔癌的防治工作。
4.91年10月：社區醫療之工作以任務編組之型態為主。社區醫療部負責開發、計劃協調等任務。各項工作、計劃之執行成效由社區發展委員會監督、評核。
5.91年4月成立「青少年衛生保健門診」，以服務青少年團體，並積極至學校宣導衛生教育。
6.91年7月成立「菸害防制小組」，與衛生機關合作辦理多場研習會、戒菸班及戒菸門診，供社區民眾有更多的選擇，共同達成戒除菸癮以促進健康人生的目的。
7.91年9月成立「門診戒菸治療管理中心」。
8.91年10月成立「糖尿病人促進推廣機構」。
9.92年成立「台南縣無菸校園推展小組」，合作學校：山上國中、文和國小、麻豆國中、曾文農工、善化高中、善化國中、新榮高中、龍潭國小。
10.92年成立「健康生活方案」，為服務台南縣永康地區的民眾，繼續推廣及舉辦各類社區活動。
11.94年起「青少年衛生保健服務」開始定期至學校服務及輔導。
12.96年11月：新增「社區發展組」，有2位專員負責，使社區工作更加拓展。
13.98年4月起至宏科醫院支援婦產科、外科的醫療服務。
14.98年8月起至仁村醫院支援復健科的醫療服務。
15.98年8月起：承辦中央健保局「增進偏遠地區健保醫療服務計畫」，地點：將軍區。
16.99年4月起：承辦中央健保局「全民健康保險家庭醫師整合性照護計畫」。
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