加護醫學部：
本院加護病房為雲嘉南地區最大的重症加護中心，共有加護病房127床(含呼吸照護中心20床)，由專責主治醫師全天候負責加護病房第一線醫療，領導由醫師、高階護理師、呼吸治療師、臨床藥師、營養師組成之重症照護團隊，醫療照護品質良好。奇美醫學中心加護醫學部擁有完整團隊，因此能為各項先進醫療提供堅強的支援，也為台灣醫界建立優質重症照護的模式、扮演提升加護病房醫療品質的推手。
急診醫學部：
自81年起即由專任主治醫師在急診室擔任第一線急救醫療服務，帶動國內醫界在急診室設立專任醫師的風氣。急診醫學部現有急診醫師五十人，每天急診人次超過300人，佔台南地區急診四分之一以上，是台灣中南部最大的急診搶救中心。奇美醫學中心急診部在2001年起即應用無線網路、提供行動醫療等先進服務，致力於流程改造、提升品質；同時有出院病患電訪追蹤的貼心服務，進一步延伸醫療關懷的觸角到病患出院後，所以才成為連總統都不得不來的急診。
心臟中心：本院結合心臟內科、心臟外科、小兒心臟科及心臟復健科等各專科醫師共組成心臟中心，並擁有先進的心肺復健中心，提供雲嘉南地區首屈一指的心臟治療。2007年並已成功完成心臟移植手術，躋身南台灣少數可以提供心臟移植手術的醫學中心之ㄧ。
癌症中心： 本院癌症中心擁有完整的團隊，提供癌症病患外科治療、放射線治療、化學治療、安養照顧及居家照護等整體治療，並受衛生署國民健康局支持癌症中心計畫，長期努力進行癌症病患治療追蹤與照護品質提升。2006年並建立100級的骨髓移植加護病房，以提升骨髓或周邊血液幹細胞移植病患術後照顧的醫療品質。
健檢中心：本院採檢病分離，設有健檢中心之獨立空間，為民眾進行快速及集中的各類型高級健康檢查、院外勞工體檢及職業疾病檢查等，是台灣率先常規進行無痛胃鏡與大腸鏡麻醉檢查的健檢中心，讓受檢者可以輕輕鬆鬆完成這些原本極不舒服的檢查，鼓勵民眾無憂無慮接受健康篩檢。本院健檢中心並提供64切高速斷層攝影心血管檢查與核磁共振腦神經系統掃瞄等多項高科技檢查，在民眾受檢過程中，本院並首創以RFID晶片手環進行健檢流程管理，以精確效率的服務完成民眾疾病的篩檢。
分院精神科： 台南巿分院為精神科病房，設急性床40床；另提供日間留院、美沙酮戒毒等服務。並由醫護人員至病患家中提供社區復健、居家治療等服務。2007年才全面完成病房整修，以全新的面貌提供更好的服務。
放射診斷：
本院放射線部擁有完整齊全的主治醫師陣容；設備方面有最先進的磁振造影、新型血管攝影、64切電腦斷層攝影、新型超音波檢查儀、一般及特殊X光機，PACS影像傳輸系統建置完善，提供臨床醫師優良的影像診斷服務。本院放射線部並致力於介入性放射治療的發展，是南台灣施行TIPS最豐富經驗的醫院，並已施行腦動脈瘤栓塞等高難度治療。
結合本院健康管理中心的特色來講，一方面是腫瘤的診斷，另一方面是心、腦血管內疾病和介入治療，本院引進的MAGNETOM Avanto :
１．在短時間內，可以一次性完成全身的核磁檢查從頭、頸、胸、上腹、骨盆、頸椎、胸椎、腰椎等八個部位進行影像掃描。
對實質器官如腦、肝、膽、脾、腎、胰、腎上腺、生殖器官(膀胱、子宮、卵巢、輸精囊、攝護腺)有絕佳的診斷功能，
可以很好的評估腫瘤的轉移擴散程度，使我們了解局部的淋巴結和全身的淋巴結，為我們的腫瘤影像診斷提供了一個新的
有力的武器。
２．做無傷害性的血管成像病例檢查，從受檢者的舒適度，診斷的準確性，臨床的滿意度來說，血管成像也取得了很大的成效。
復健：本院復健科為學會評定之復健科訓練醫院，現有四位專任主治醫師，訓練四名住院醫師。尚有物理治療、職能治療、語言治療、心肺復健護理師等專業人員四十餘位，陣容完整。除提供電熱療、骨科神經物理治療、職能治療、語言治療、手部傷害與燒燙傷治療、兒童治療外，並配合心臟中心提供心肺復健治療，促使病患病情改善、發揮最大潛力，回復生活自立能力。復健科並與多所機構合作提供。
器官移植與骨髓移植：為延續病患的生命與健康，本院致力於器官捐贈之宣導並施行腎臟移植與角膜移植及骨髓移植工作，由器官捐贈小組及骨髓移植小組統籌，透過與各大醫院之間聯繫管道，將捐贈的器官或骨髓給予最適當的病患。透過器官捐贈小組的努力，本院器官捐贈的病人數在全國醫學中心已是名列前茅。因此本院也順利發展腎臟移殖、角膜移殖，成績斐然。2006年並建立100級的骨髓移植加護病房，以提升骨髓或周邊血液幹細胞移植病患術後照顧的醫療品質。2007年並已成功完成心臟移植手術，躋身南台灣少數可以提供心臟移植手術的醫學中心之ㄧ。於2008年也成功完成肝臟移植手術，為本院之移植邁向另一個全方位的新紀元；造福更多南台灣等待器官移植之病患。
