1968年成立命名為『財團法人逢甲醫院』，當時設有內、外、婦、兒、牙、耳鼻喉等六科，病床66床。
1982年通三級教學醫院評鑑，床數擴充突破百床。
1986年遷至永康現址。總床數500床。
1988年經衛生署評鑑為區域暨教學醫院。
1992年正式更名為『財團法人奇美醫院』。
1996年2月急診大樓擴建完成，病床1,335床、醫療科36科、員工將近2500位(醫師300多位)，其中128床的重症加護中心、105床的洗腎
　 中心及獨立規劃的急診室，在雲嘉南地區綜合醫院中均為創舉。目前為雲嘉南地區床數最多的醫院。
1999年設立中醫部、南科診所及高壓氧科。
2000年通過衛生署及教育部評鑑升格為醫學中心。
2001年完成研究大樓及行政大樓擴新建。
2002年籌設柳營分院。
2004年柳營院區完工啟用。
2006年台南市院區精神科病房完成全面整修。
2007年2月本院完成第一例心臟移植手術。
2007年3月配合國合會，本院同仁前往中南美洲的尼加拉瓜從事國際醫療服務。
2007年5月本院通過新制醫學中心評鑑。
2007年8月詹啟賢院長榮退。
2007年9月1日邱仲慶副院長升任院長，莊銀清教授、王志中教授、黃興進教授擔任副院長，林宏榮主任兼任醫務秘書。董事會並確
　 立恢復以往經營決策委員會的運作，由廖錦祥董事長擔任委員會主席，邱仲慶院長任副主席，並聘梁安億副院長為稽核長。
2007年11月奇美醫院40週年院慶系列活動，包括相片展、人文及藝術研討會，國際學術研討會。活動至2008年1月12日於南台科技大
　學舉辦全院(永康和柳營院區)運動會及2008年1月13日望年晚會達到最高潮。
2007年11月通過亞太倫理審查論壇（Forum for EthicalReview Committee in Asiaand the Western PacificFERCAP）評鑑，本院人體試驗獲國
　 際認可。
2007年12月董事會購置長億城12層樓規劃作為「員工活動中心」及員工宿舍之用。
2007年12月參加醫策會舉辦的醫療品質團體組競賽，榮獲銀牌獎。
2008年1月18日與「國立交通大學」簽立建教合約。
2008年2月本院繼完成腎臟移植、眼角膜移植、骨髓移植、心臟移植，2008年2月16日完成肝臟移植，2008年5月完成第二例肝臟移植。
2008年3月董事會購置逢甲儷園規劃作為「第三醫療大樓」。
2008年6月11日與「嘉南藥理科技大學」簽立建教合約。
2008年7月本院發行「院外電子報」。
2008年7月本院建置安寧病房11床，2008年7月25日「奇恩病房」揭牌啟用。