本院目前在永康分院有手術室19間（17間位於綜合大樓的三樓，另外四樓產科一間，急診大樓燒傷中心一間），柳營分院有手術室10間（位於二樓）。每一間手術室都有一組設備齊全、符合國際水準的麻醉機及生理監視裝備。麻醉部和外科部的陣容非常堅強，可以施行多種手術，每個月需要麻醉部協助來施行手術的術量超過兩千人次。永康分院之麻醉恢復室有12床，柳營分院之麻醉恢復室有15床，有充足的空間和完善的監視裝備。

麻醉部目前有19位主治醫師、6位住院醫師，是本院最大的科部，也是雲嘉南地區第二多主治醫師的麻醉科部，醫師們分別來自三總、台大、長庚、榮總、成大等各大教學醫院，都有相當深的資歷和經驗，又非常負責。在下午四點下班時刻以後，本科部有一位主治醫師在手術室內值班，處理這時段中的麻醉案例，即使在早期只有三位麻醉專科醫師最艱苦的情況下，我們也堅持這麼做，已經十幾年了，良好的麻醉品質是我們的回饋，如今我們有這麼多的人手，當然還會繼續維持下去。另有97位護士（永康分院69位，柳營分院31位），分別在手術室和麻醉恢復室，協助麻醉醫師進行麻醉中、麻醉恢復期的護理工作。此外，還有三位書記與二位佐理員協助處理科內事務。

本院亦有手術後止痛的服務，使病患可以在一個沒有痛苦的環境下，接受外科醫師高明的手術，和護士小姐親切的照顧，讓病患可以愉快的度過這一段原本是令人憂心忡忡的日子。另外，本科在每星期一、三下午，有疼痛科門診，由陳貞吟與陳冠廷醫師負責。