本院復健科創辦於民國七十五年，先設物理治療部門，後於民國七十八年成立職能治療部門，民國八十二年設立兒童治療部門，民國八十六年成立語言治療及心肺治療部門，于民國八十七年核准為復健科專科醫師訓練醫院，延攬人才，現有醫療內容包括復健科專科醫師4人、住院醫師4人、物理治療人員27人、職能治療人員13人、語言治療人員4人、心肺護理人員2人及心理師1人，提供各纇患者完善之復健醫療服務。                                                                                          

    本科位於急診大樓一樓，主要提供電療熱療、骨科物理治療、手部職能治療及兒童治療服務，另於地下室一樓提供腦中風及其他中樞神經疾病以及心肺疾病之復健治療。本科病患現設立於綜合大樓五樓共十床，患者來源主要來自門診及他科轉介；尤以神經內科外科、骨科、整形外科、胸腔內外科……等為主要轉介來源。

    關心社區醫療服務，照顧弱勢族群，一向是本院重要任務之一。基於愛心與關懷發展遲緩兒童，本科自89.02.15起，開始支援由台南縣政府委託智障協會主辦隻南區嬰幼兒發展中心。接著於89.11.01起，負責台南縣蘆葦啟智中心復健醫療服務，另於90.08.01起，開辦台南縣德蘭啟智中心復健醫療服務。在91.08.01起，開始支援台南市光明街瑞復益智中心早療服務。此外，本科自91.04.01起，正式與天壇新化老人中心合作，提供老年人適當之復健治療。民國92年，本科先後與鴻佳殘障庇護中心、北區嬰幼兒發展中心及漁光路瑞復益智中心建立合作關係。民國93年2月起，開始協助國立台南啟智學校，提供學童復健醫療服務。於94年11月起開始，協助國立台南啟聰學校，提供聽覺障礙學童語言治療服務。最近於95年4月開始與悠然山莊安養中心建立合作關係，給予中心長者適當的運動處方與復健治療。

    其中各項治療分別為：

    物理治療就是以物理因子，如光、電、水、冷、熱、力為治療方式，達到病人治療，恢復或維持生理及心理上的最佳狀況。

    職能治療是一門結合藝術及科學的應用科學，也就是將各種人類的職能活動融入治療的精神與技術，應用於臨床治療，從而達到治療目的之活動治療科學。

    語言治療是針對中風、腦傷、腦部中樞神經病變之病患，提供溝通及吞嚥功能訓練。另外，對於發展遲緩、腦性麻痺、自閉症、智能不足及多重障礙之兒童，提供語言、溝通及口腔進食功能訓練，另外對於一般兒童，若有需要，可以協助構音矯正。

    心肺復健治療是針對心臟及肺臟方面內科病患以及術後病人，包括冠狀動脈疾病、先天性心臟病、心臟瓣膜疾病、類風濕性心臟病、心臟衰竭、慢性疾病如尿毒症、骨折、中風，導致心肺功能障礙者等，所設計的復健過程，不但可以篩選出心肺有疾病的個案，且可增進術後病人體適能、自我照顧功能及日常生活品質。