醫學研究部成立於民國九十年，由王志中教授領軍，帶領十位研究室主持人：莊銀清教授、林茂村教授、蔡順隆教授、李瀛輝教授、張明熙教授、劉巡宇副教授、黃順賢副教授、曾慶誠副教授、牛柯琪副教授、李聰明副教授，設置十五間個別研究室，聘請近六十位研究助理，推展研究相關業務。
依研究室功能主要分為三個研究中心：
一、生醫學科技研究中心：感染症研究室、肝病研究室、癌症基因體研究室、口腔腫瘤研究室、遺傳醫學研究室、婦
癌研究室、幹細胞研究室。
二、製藥研究中心：新藥研發研究室、藥物動力學研究室、藥效學研究室、功能基因體研究室。
三、基礎醫學研究中心：腦心血管研究室、分子醫學研究室、高壓氧暨異常氣壓研究室、心臟研究室。
以上研究室開放全院同仁申請共同研究，另設置實驗動物中心、統計暨英文諮詢室、血清腫瘤銀行及行政辦公室等支援單位，聘請專職人員提供研究相關諮詢與協助。本部每年約進行六十案研究計畫，發表於國內外醫學期刊之論文約六十篇。
我們的研究主題如下:
一、生醫科技
1. 創傷弧菌(Vibrio
vulnificus)感染症的致病機轉及其抗生素治療。
2. 產氣單胞菌(Aeromonas
hydrophila)感染症的致病機轉及其抗生素治療。
3. 克雷伯氏肺炎桿菌肝膿瘍致病機制，快速檢驗及防治。
4. 各類抗生素抗藥性基因的研究。
5. 中藥的抗菌效果研究。
6. 光動力學對各種細菌感染症之治療效果。
7. B型肝炎患者的免疫致病機制研究。
8. 探討B型加上C型肝炎雙重感染者之治療與預後。
9. 肝癌之蛋白質體學的研究（Proteomics
study）。
10.建立台灣口腔癌基因資料庫。
11.探討台灣口腔癌病患可能之致癌因子及機制。
12.建立移形上皮癌基因體的特有基因資料庫。
13.腫瘤標誌相關的研究。
14.婦癌相關之基因及細胞學研究
二、製藥科技
1. 長效止痛劑之研發以治療手術後疼痛，其中包括強效之鴉片類止痛
2.
長效止痛劑之研發以治療神經病理性疼痛。
3.
長效藥劑之研發以治療嗎啡類藥物之身體依賴性。
4.
新型局部麻醉劑之研發。
5.
加速傷口癒合之治療藥劑之研發。
6. 細胞激素IL-20在治療人類多種疾病之可能機轉及療效研究。
三、基礎醫學
1.
循環性休克及腦缺血性細胞損傷之病因、預防及治療研究。
2.
菌血症所引發之發燒的病因、預防及治療探討。
3.
在數種心血管疾病的動物模式下進行蛋白質體學研究。
4.
人類臍帶血幹細胞用於治療人類疾病之研究。
5. 治療腦及脊髓損傷之研究。
在工作之餘，我們以四句話和大家共勉：1.時間是人生真正的資產，2.學問是人生真正的財富，3.智慧是人生真正的力量，4.健康是人生真正的快樂。（取自佛光菜根譚）