本院會計室設有各專任負責人，熟悉會計原則並據以執行會計業務，且本院會計制度健全，具完善的內控與外部查核機制，並且定期編製各種相關財務報表，及時提供醫院做決策參考，並定期編製年度工作計畫與年度預算書和結算書。

本室業務劃分為三大類：帳務系統、審核系統、成本系統。

一、帳務系統：開立收入/支出傳票，各項帳務處理，編製財務報表，帳目分析，各類稅務結算申報。

二、審核系統：各院區收入帳務審核，各應收帳款之記帳及收回，本院各項付款單據審核，及廠商折讓、扣款、捐贈証明給予，會計師事務所之帳款函証回覆、廠商查帳及院內外醫學研究計劃審核等事宜。

三、成本系統：設有成本會計制度，定期編製各部門別之收入/費用和相關報表，有專案或單項成本分析，損益表及季/年財務指標，每月舉行科業務會議，有專人進行科別分析、檢討或修正並有實體紀錄可查。

本單位執行完善健全的內控機制，並依內控結果修正相關機制與作業，且本院會計審查制度由第三者實行外部會計師查核簽證，至少一年1次並有紀錄可查，並依照簽證紀錄修正會計作業或內容。